为了发现蛋白质-蛋白质相互作用中的扮演关键作用的氨基酸，传统的做法是使用定点突变技术来研究。然后这种传统技术的缺点是工作量大、时间长、以及花费也不菲。使用PEP-REPLACE技术，我们能够快速定点替换多肽中的氨基酸为任意一个氨基酸，并且合成在芯片上，然后寻找出蛋白质-蛋白质作用中起关键作用的氨基酸。

下图展示了PEP-REPLACE的工作原理。在芯片上面的为与靶蛋白结合的15-肽序列（LDVPPALADFIHQQR），左侧为20个替换氨基酸。使用多肽阵列技术，我们可以一个芯片，同时使用20个氨基酸来替换待测多肽序列上的所有15个氨基酸。与靶蛋白反应后发现，15肽中的氨基酸P、A、L、F、I在于靶蛋白相互作用中发挥了重要的作用。

这种技术在一定程度上可以替代传统的定点突变技术，并且比后者要高效和快速。