蛋白质-蛋白质相互作用在很大程度上是短序列多肽之间的相互作用。因此PEP-OVERLAP技术是利用学列漂移原则，然后根据已知蛋白的氨基酸序列，在芯片上原位合成一系列多肽，而两个相邻的多肽之间的氨基酸序列大部分重叠/相同。然后合成的芯片和其他物质（如抗体、血清、靶蛋白等）反应，从而发现芯片上的蛋白质/多肽序列与其他物质的结合域/位点（例如：表位-抗体、蛋白-蛋白结合位点）。

例如（见下图），使用此技术，我们可以把致病原（病毒或细菌等）的蛋白质多肽序列合成在芯片上，然后与病人血清反应。因为病人血清中存在针对致病原的抗体，从而可以帮助我们快速发现该致病原导致抗体反应的抗原表位。同时，通过对不同病人的分组，有助于我们发现保护性抗体和相应的抗原表位，从而生产保护性疫苗和抗体。